El líder y fundador del grupo es Marilyn Manson, cuyo nombre real es Brian Warner. La elección de este nombre,corresponde a la fusión entre la actriz Marilyn Monroe y el asesino Charles Manson, a través de lo cual se quiere representar la dualidad entre el bien y el mal, entre los extremos del glamour y belleza de Marilyn Monroe y la brutalidad y oscuridad de Charles Manson.
Esta banda de heavy metal surgió a finales de los años 80 en el sur de Florida. En un principio, Manson escribia poesias e iba a un local donde las recitaba delante de un publico bastante ebrio. Al ver que sus "poemas" no caian bien, y siguiendo el "consejo" de uno de los que escuchaban sus poemas, decidio ponerles música y transformarlas en canciones.En el año 1989 Marilyn Manson se junta con el guitarrista Daisy Berkowitz para formar una banda. El nombre original del grupo era Marilyn Manson & The Spooky Kids (Marilyn Manson y los Niños Espectrales) hasta que unos años después, por consejo de su manager y por motivos comerciales,decidieron dejar el nombre en Marilyn Manson.
